• Collège « Monde de l'entreprise » : Il représente les entrepreneurs aquitains voire nationaux ainsi que la chambre consulaire régionale et les chambres consulaires départementales.

             – Gain de temps et de productivité ;
             – Mutualisation de la « non »propriété intellectuelle ;
             – Veille concurrentielle ;
             – Créer des solutions logicielles et matérielles communes et ouvertes.

• Collège « Recherche & Développement » : Il garantit la qualité scientifique des projets en participant à la labellisation technique du projet.

             – Publication des chercheurs ;

             – Financement des équipes de recherches des laboratoires adhérents au pôle aquinetic (% sur les projets suivis) ;
             – Reconnaissance nationale et internationale.

• Collège « Associations » : Il représente les associations nationales et régionales compétentes dans les domaines d'expertise du pôle.

            – Proposer des projets aux associations pour les permettre d’exercer leurs talents.

Le rassemblement des quatre collèges forme la structure de gouvernance du pôle animée par un conseil d'administration et dont le fonctionnement repose sur une équipe permanente.

 * Gouvernance selon le rapport « RECUEIL DES BONNES PRATIQUES DE GOUVERNANCE POUR LES PÔLES DE COMPÉTITIVITÉ » (MINEFI / DGE) : mise en avant des six axes clés de la gouvernance des pôles : 

• stratégie,
• stratégie R&D,
• processus projet,
• développement international,
• implication des PME,
• gestion des compétences.